Le ultime opere di Mantegna sono differenziate da un interesse per l'eleganza e l'ottimismo della gioventù. Mentre la sua salute fisica peggiorava e le sue fortune finanziarie diminuivano - probabilmente a causa della sua tendenza a scontrarsi con i suoi mecenati e coetanei - egli sembrava abbracciare le gioie della vita con ancora più fervore, dipingendo scene di vittoria militare e di illuminazione spirituale. Queste caratteristiche si possono trovare nel Parnaso (1495-97), che raffigura le virtù della cultura pagana, e nella Madonna della Vittoria (1495), che immortala una delle battaglie di successo di Francesco II.
Tuttavia, la marchesa Isabella d'Este, moglie di Francesco, non fu contenta del ritratto che Mantegna le fece, utilizzando un approccio più realistico di quello che le era comodo, andando a rompere con la tradizione di idealizzazione fisica della monarchia.
Un periodo tardivo
Francesco era spesso nei guai con il Marchese, e alla fine fu bandito dalla Corte dei Gonzaga, anche se l'altro figlio di Mantegna, Lodovico, rimase in grande considerazione. Dopo la morte di sua moglie, Mantegna ebbe un figlio illegittimo chiamato Gian-Andrea. Nel 1504 l'artista anziano redasse un testamento, che senza sorpresa favorì Lodovico, ma ancora più sorprendentemente favorì Gian-Andrea rispetto a Francesco. Nel 1504, Mantegna chiese di poter acquistare una cappella nella Basilica di Sant'Andrea a Mantova in cui essere sepolto, richiesta che fu accolta. Anche se la sua salute peggiorò, il suo spirito vigoroso rimase, e continuò a lavorare fino alla fine della sua vita. Morì il 13 settembre 1506, all'età di 74 anni, nella sua casa di via Unicorno, tra la sua collezione di antichità.